시간을 되돌리다
마코토는 평범한 고등학생 소녀이다. 7월 13일 아침 그녀는 평소처럼 지각을 할까봐 서두른다. 운좋게 지각은 면하지만 그날 하루의 운수는 꼬인다. 첫 시간부터 갑작스럽게 쪽지시험을 보더니 점심시간에는 장난치던 남학생에게 깔리고 요리실습시간에는 불을 내는 사고를 친다. 쪽지시험은 망했고 마코토는 노트제출 당번까지 맡게되었다. 하루종일 되는 일이 없다. 마코토는 노트를 가져다놓기 위해 연구실에 들렀다가 이상한 물건을 발견하다. 호두같이 생긴 조그만 물건이었다. 그녀는 실수로 그것을 누르게 된다. 그러나 당장은 아무일도 일어나지 않는다.
방과후 마코토는 친구인 치아키와 코우스케와 함께 야구를 한다. 그리고 엄마 심부름을 하러 자전거를 타고 이모집으로 향한다. 그런데 언덕 내리막길에서 자전거의 브레이크가 고장 난 것을 깨닫는다. 결국 마코토는 열차에 치이고 만다. 그런데 정신을 차려보니 조금 전 과거로 시간이 돌아가 있었고 마코토는 목숨을 구했다.
이모에게 방금 일어났던 일을 상담 했더니 이모는 그것을 타임리프라고 부른다고 알려준다. 마코토는 타임리프를 시험하기 위해 내리막길에서 달리기 시작한다. 그리고 또다시 과거로 되돌아가는데 성공한다. 마코토는 아예 13일로 되돌아가 지각도 면하고 쪽지시험도 잘 본다. 그리고 요리실습시간의 실수를 만회하기 위해 타카세와 조를 바꾸고 마코토가 했던 실수는 타카세가 저지르게 된다. 마코토는 시간을 되돌리는 능력을 마음껏 사용한다. 과거로 돌아가 맛있는 음식도 실컷 먹고 노래방에서 10시간이나 노래를 부른다.
꼬이는 사건들
다음날 한 여학생이 코우스케를 찾아와 고백을 한다. 그러나 코우스케는 그녀의 고백을 거절한다. 마코토는 치아키와 함께 집으로 돌아가는데 갑자기 치아키가 마코토에게 사귀자는 제안을 한다. 당황한 마코토는 과거로 시간을 되돌린다. 그러나 치아키는 또다시 마코토에게 고백을 해온다. 그것이 불편했던 마코토는 이를 피하기 위해 과거로 돌아가 아예 혼자 집으로 돌아가 버린다. 그리고 치아키의 고백을 없던 일로 만들어버린다.
이모에게 이 사실을 상담하자 이모는 일단 치아키와 사귀고 안좋으면 과거로 되돌리면 되지 않냐고 말을 한다. 하지만 마코토는 어차피 잘 될 일 없을 거라고 대답한다. 그리고 마코토는 다음날부터 치아키를 피하기 시작한다.
그러던 어느날 마코토는 치아키와 자신의 친구 유리가 사귀게 됐다는 소식을 듣게 된다. 그리고 어쩐지 섭섭한 마음을 느낀다. 시간이 흐르고 마코토는 자신의 팔꿈치 쪽에 60 이라는 숫자가 새겨져 있는 것을 본다. 다음날 시간을 돌려 쪽지시험을 잘본 마코토는 숫자가 50으로 변하게 된 걸 발견한다. 타임리프에는 횟수가 정해져있었던 것이다.
어느날 코우스케에게 고백을 했던 카호의 친구들이 마코토를 찾아온다. 그리고 마코토와 코우스케에게 사귀는 사이냐고 묻는다. 알고 보니 카호의 할머니는 요양원에 계셨는데 그곳에서 자원봉사를 하던 코우스케가 할머니를 잘 돌보아드렸고 카호는 이를 알고 반한 것이었다. 마코토는 두 사람을 이어주기 위해 시간을 되돌리지만 계속 실패한다. 그 과정에서 마코토는 새로운 사실을 알게된다. 코우스케는 마코토가 쪽지시험을 잘보는 걸 보고 공부를 열심히 하겠다고 카호를 거절한 것이었다. 마코토는 아예 13일로 돌아가 쪽지시험을 망쳐버린다. 그리고 카호와 코우스케를 이어준다.
미래에서 기다릴게
어느새 마코토의 팔에 적힌 숫자는 1이 되어있다. 타임리프 횟수가 1회밖에 남지 않은 것이다. 그때 마코토는 코우스케에게 자전거를 빌리겠다는 문자를 받는다. 13일날 자전거 브레이크가 고장나 있었다는 것이 생각난 마코토는 이를 저지하기 위해 달린다. 다행히 코우스케는 집으로 돌아가 사고를 피해간다. 마코토는 한숨을 돌린다. 그런데 치아키가 갑자기 마코토에게 타임리프를 하고 있느냐고 묻는다. 당황한 마코토는 다시 과거로 시간을 되돌린다. 그리고 이번에는 코우스케와 카호가 함께 고장난 자전거를 타고 달리는 상황을 맞닥뜨린다. 사고를 막기 위해 시간을 되돌리려 하나 타임리프 숫자는 0이 되었고 절망한 마코토는 울부짖는다. 그러나 그 순간 시간은 멈춘다. 그리고 마코토는 치아키를 만난다. 치아키는 미래에서 온 소년이었다. 그가 살고 있는 미래에서는 시간을 자유롭게 오고갈 수 있는 장치가 있다. 치아키는 미래에는 볼 수 없는 그림을 보기 위해 과거로 돌아온 것이었다. 그러나 그는 어디에선가 타임리프 장치를 떨어뜨리고 만다. 그리고 그것을 마코토가 사용한 것이었다. 치아키는 마코토에게 이별을 고한다. 과거의 주민에게 이 사실을 발설해서는 안되었기 때문이다.
다음날 치아키는 사라져버리고 마코토는 치아키가 미래로 돌아가지 못한게 자기 때문이라고 자책하며 운다. 그런데 문득 팔에 숫자 1이 남이있는 것을 발견한다. 치아키가 시간을 되돌리며 마코토의 타임리프 1회가 되돌아온 것이었다. 마코토는 치아키의 시간을 돌려주기 위해 아예 13일로 되돌아간다. 그날로 돌아간 마코토는 코우스케와 카호를 이어주기 위해 자리를 마련하고 절대 자전거는 쓰지 말라고 당부한다. 그리고 치아키에게로 달려간다. 치아키에게 모든 것을 고백한 마코토는 미래에도 치아키가 그림을 볼 수 있도록 지키겠다고 약속한다. 그리고 치아키와 이별한다. 치아키는 그녀에게 미래에서 기다리겠다고 말한다.